Родился 5 декабря 1920 года в деревне Немково Родниковского района Ивановской области в семье рабочего.
В 1940 году окончил Горьковский речной техникум, в 1947 году Ленинградский институт инженеров водного транспорта. После окончания техникума работал капитаном буксирного судна в западном речном пароходстве города Пинск, от туда в конце 1940 года ушел на службу в Советскую Армию. С 1943 по1945 годы воевал в составе 10-й Гвардейской воздушно-десантной дивизии на Северо - Западном, Степном и 3-м Украинском фронтах. В 1945 г., демобилизовавшись из Армии, поступил на работу в Московское речное пароходство. Плавал капитаном теплохода «Леваневский», старшим штурманом теплохода «Профессор Мечников», работал начальником цеха Хлебниковских судоремонтных мастерских. В 1950 г. был выдвинут на должность директора Щербаковских (Рыбинских) судоремонтных мастерских. В этом же году был избран заместителем председателя Горисполкома Щербаковского (Рыбинского) городского Совета депутатов трудящихся.
В августе 1952 г. возвращается на родное предприятие, бессменным директором которого оставался более 35 лет.
За прошедшие годы из мастерских вырос Хлебниковский машиностроительный судоремонтный завод. Построены новые цеха, освоена новая продукция.
За 35 лет руководства Гуниным Я.С. объем производства завода вырос в 54 раза, в поселке Водники построено 453 тысячи квадратных метров жилья, 2 магазина, детский сад, ясли, школа, поликлиника, аптека, Дом культуры, стадион, 9-этажное общежитие.
На протяжении 40 лет Я.С.Гунин избирался депутатом горсовета и 18 лет - членом Исполкома, председателем совета директоров г.Долгопрудного.
Скончался 7 августа 2014 года на 94 году жизни после продолжительной болезни.
За боевые заслуги и многолетнюю безупречную работу на водном транспорте Я.С.Гунин награжден:
Орденом Октябрьской революции
Орденом трудового Красного Знамени
Тремя медалями «За отвагу»
Медалью «За доблестный труд. В ознаменование 100-летие со дня рождения В.И.Ленина»
Медалью «За победу над Германией в Отечественной войне 1941-1945 годов»
Медалью «За победу над Японией»
6-ю юбилейными медалями Советского Союза
Звание "Почетный гражданин" присвоено Решением Мытищинского ГК КПСС и исполнительного комитета Долгопрудненского городского Совета народных депутатов Московской области №Б-52/257 от 13.10.1982 года.
Его именем названа одна из улиц города: дорога от ж/д переезда "Водники" до проходной ХМСЗ - улица Якова Гунина.
26 сентября 2015 года на Астраханском Судостроительном заводе "Лотос" спущен на воду танкер RST25 "Яков Гунин".